Le but de ce projet est de pouvoir, à partir des données génétiques d'une espèce inconnue, la placer dans un arbre phylogénétique de référence~\cite{bdd}. 
Pour cela, il faut effectuer sa classification taxonomique en déterminant son règne, son embranchement, sa classe...et dans le meilleur des cas l'espèce elle même.
Dans ce travail, les données génétiques utilisées sont les ADN\footnote{Acide Désoxyribonucléique: molécule présente dans toutes les cellules vivantes} mitochondriaux. On a utilisé les génomes mitochondriaux car ce sont des génomes courts, conservés, présents uniquement chez les Eucaryotes et ils sont utiles pour la classification méta-génomique~\cite{complet}~\cite{bdd}. De plus, il est intéressant de travailler sur les Eucaryotes car ils sont peu utilisés, en effet les scientifiques préfèrent généralement travailler sur les bactéries.
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Pour ce projet on devra classer des données {\em méta-génomiques}, c'est à dire des informations génétiques extraites à partir d'un échantillon environnemental, comme par exemple l'eau de mer, qui sont un mélange de fragments, ou {\em reads}, d'ADN provenant des différents organismes présents dans l'échantillon.
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Pour ce faire il faut:
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\begin{itemize}
  \item[.]récupérer les données du NCBI, c'est à dire les génomes mitochondriaux. (voir partie \ref{requetesection}),
  \item[.]organiser les données récoltés sous forme arborescente de dossier (voir partie \ref{contruc}),
  %\item[.]Recupérer la taxonomie de référence pour ces données (voir partie 3.1.3) .
  \item[.]générer les données pour chaque noeud et feuille de l'arbre (voir partie \ref{generate}),
  \item[.]établir un apprentissage sur les données de référence (SVM, Bayésien naïf, ...) et en fonction d'un signal donné (Kmot\footnote{Kmot :Mot de taille K }) (voir partie \ref{partie_classi}),
  \item[.]déterminer la taxonomie des données inconnues sachant cet apprentissage (voir partie \ref{inconnu}).
\end{itemize}

%\begin{figure}[h!]
%\begin{center}
%\includegraphics[scale=0.1]{../imports/problematique.jpg}
%\caption{\label{problematique} ...}
%\end{center}
%\end{figure}
